Evropska unija (EU) podpira ekološko rejo prašičev iz več pomembnih razlogov in z različnimi mehanizmi. Ekološka reja zmanjšuje onesnaževanje tal in voda, ker omejuje uporabo umetnih gnojil, pesticidov in zdravil. S tem prispeva k ohranjanju naravnih virov in biotske raznovrstnosti. V ekološki reji imajo prašiči več prostora, dostop do zunanjih površin in bolj naravne pogoje za življenje. Tako so izboljšani standardi dobrobiti živali v kmetijstvu. Ekološko meso praviloma vsebuje manj ostankov zdravil (npr. antibiotikov). S tem EU spodbuja bolj zdravo prehrano in zmanjšuje tveganje za odpornost na antibiotike. Ekološka reja pogosto ustvarja več dodane vrednosti in novih delovnih mest na podeželju.

Finančne podpore v okviru SKP (Skupne kmetijske politike): neposredna plačila kmetom, ki se odločijo za ekološko rejo ter dodatna plačila za okolju prijazne prakse (t. i. eko-sheme).

Slovenski strateški načrt SKP 2023-2027 z intervencijo IRP19 Ekološko kmetovanje spodbuja kmetijska gospodarstva za izvajanje naravi prijaznega načina kmetovanja, ki prispeva k ohranjanju in izboljševanju biotske raznovrstnosti, ohranjanju virov pitne vode, rodovitnosti tal, kulturne kmetijske krajine in k varovanju okolja nasploh. Ekološko kmetovanje zagotavlja pridelavo visoko kakovostne in varne hrane, z bogato prehransko vrednostjo in visoko vsebnostjo vitaminov, mineralov in antioksidantov ob hkratnem kar največjem možnem zmanjšanju vseh oblik onesnaževanja.

Ekološka reja prašičev predstavlja z 0,3 % najmanjšo nišo v ekološki reji domačih živali v država Evropske unije. Razlog je v težavah pri zagotavljanju kakovostne ekološko pridelane krme za različne kategorije prašičev. Prepovedana je uporaba gensko spremenjenih organizmov, reje pa morajo imeti tudi lastne površine za pridelavo krme. Ekološka reja prašičev se lahko izvaja v sistemu zunaj/na prostem, znotraj/reja v hlevu in mešano (kombinacija obeh).

Za vse sisteme ekološke reje prašičev je značilno, da zahtevajo zagotavljanje dobrega počutja živali in rejo živali na način, ki ne obremenjuje okolja. Skupna obtežba z živalmi ne sme presegati mejne vrednosti 170 kg dušika na leto in hektar kmetijskih zemljišč.

Sistem reje v hlevu poteka z možnostjo zunanjega izpusta. Tovrstni hlevi se navadno preko hladnega dela leta ogrevajo, vgrajen pa imajo tudi ventilacijski sistem. Druga možnost so neizolirani hlevi z odprtim delom stranice hleva. Pri takšnih rejah je v hlevih potrebno posebno pozornost nameniti prostoru za svinjo. Svinja mora imeti možnost izražati svoje naravno obnašanje. V prostoru morajo biti ločena področja za ležanje, uriniranje in blatenje ter področja za različne druge aktivnosti. Na ta način se izognemo zdravstvenim težavam živali, ekonomskim izgubam in dodatnemu delu. V hlevu moramo zagotoviti tudi ustrezne mikroklimatske pogoje za svinje, pujske, odstavljene pujske in pitance. Ekološke reje prašičev zahtevajo zagotavljanje dobrega počutja živali in rejo živali na način, ki ne obremenjuje okolja.

Reja v hlevu je primernejši način za ostrejša klimatska področja s hladnimi zimami. Pri tem sistemu je bolj učinkovit nadzor živali in manjše so potrebe po površinah zemljišč.

Reja prašičev zunaj oz. na prostem predstavlja rejo zunaj preko celega leta. Živali imajo na voljo majhne objekte (hiške) ali naravna zavetja. Največji tehnološki problem reje je zagotoviti pravilno rotacijo čredink na paši na način, da se ohranja pokritost z vegetacijo, zagotovi biološko varnost za živali ter identificira morebitne zdravstvene probleme in jih pravilno obravnava.

Prednosti reje na prostem so manjši stroški gradnje objektov, izpolnjena pričakovanja potrošnikov glede ekološke reje, boljši pogoji za izražanje naravnega obnašanja s pozitivnim učinkom na zdravje in dobro počutje. Manjša gostota naselitve živali in dobra kakovost zraka  pozitivno učinkujeta na zdravje živali in dostop do naravne svetlobe. Učinkovita je uporaba gnoja. Če je reja integrirana v kolobarjenje rastlin in se »hiške« in področja krmljenja pravočasno premikajo, vegetacija in zemlja zagotavljata večino potrebnih količin vitaminov in mineralov za živali na paši. Anemija je prisotna le dokler pujski ne najdejo dovolj železa v tleh.